大遺址保護工作是近年來文物保護工作的重要內容。我院先后獨立承擔、合作完成了《滎經縣嚴道古城遺址保護規劃》（2009年）、《江西景德鎮御窯廠考古遺址公園規劃》（2011年）、《茶馬古道（雅安段）保護規劃》（2012年）、《宣漢羅家壩遺址保護規劃》（2013年）、《廣漢三星堆國家考古遺址公園規劃大綱》（2014年）、《宣漢縣羅家壩考古遺址公園規劃》（2016年）、《城壩遺址保護規劃》（2018年）、《城壩國家考古遺址公園規劃》（2019年）、《三星堆國家考古遺址公園規劃》（2022年）等大遺址保護規劃的編制，并充分發揮集考古、文化遺產保護、文物保護修復職能于一體的優勢，在大遺址保護方面實現從考古調查發掘到保護規劃編制、博物館展陳設計、出土文物保護修復一條龍式的業務開展。