1950年12月15日，為有效保存和整理歷史文物，根據中央文化部文物局的指示，川西人民行政公署（以下簡稱“川西行署”）核準成立川西文物保管委員會，主任委員為謝無量，委員為李劼人、蒙文通、向楚、芶敬宇、徐中舒、聞（在）宥、馮漢驥、陳翔鶴。該會當時的主要任務是在川西行署文教廳領導下開展文物保護、調查、研究、征集等工作。

1951年2月5日，《地方文物管理委員會暫行組織通則》發布，明確提出：“為了更好地保護、管理各地方的古建筑、古文化遺址、革命遺跡，并為征集用在各地的珍貴文物、圖書、革命遺物的便利，各省、市得設立‘文物管理委員會’。”

1951年7月，川西行署撤銷川西文物保管委員會，成立川西區文物管理委員會，主任委員為張秀熟（時任川西行署文教廳廳長），副主任委員為邱翥雙、謝無量、王纘緒，委員為毛定原、向楚、吉喆、余述生、李維嘉、李劼人、芶敬宇、徐中舒、陳翔鶴、張怡孫、楊嘯谷、蒙文通、聞（在）宥、韓文畦。

---

------   初創【1953～1957】 ------

?  1953年5月1日，四川省人民政府文化事業管理局根據中央文化部、西南行政委員會文化局指示，正式成立四川省文物管理委員會（以下簡稱“省文管會”），核定編制30人。時任四川省教育廳廳長張秀熟兼任省文管會主任委員，副主任委員為彭長登、徐中舒、蒙文通、馮漢驥。辦公地址：四川省成都市純化街75號。省文管會初創成員名單：鄭建勛（秘書）、陶鳴寬、李復華、支沅洪、傅漢良、李勵、潘中玲、洪劍民、江學禮、曹丹、王迪若、劉貞廉、田宜超、林坤雪、江甸潮、匡遠瀅、陳歷清、吳覺非、曹祚沅、謝柯安、凌尚志、龐有林、陳建中、袁明森。省文管會成立之初即赴四川各縣市進行文物古跡調查，完成了新中國成立以來四川首次大規模、有計劃、專業化的文物調查。

?  1954年9月，張圣奘任省文管會（辦公室）負責人。省文管會（辦公室）分為田野組和調查組，在繼續進行文物普遍調查的同時，開展重點保護工作，宣傳國家文物保護政策，配合基本建設工程進行文物清理及展覽策劃，并幫助、指導剛剛成立的四川各縣市文物保管所培訓工作人員、編訂文物清冊。

?  1954年，西南大區撤銷。1955年，西南博物院移交重慶市文化局，并更名為重慶市博物館，馮漢驥重新擔任四川省博物館（以下簡稱“省博”）館長兼四川大學歷史系考古教研室主任，西南博物院一部分史學、文博領域的精英和骨干（王家祐、沈仲常、楊有潤、于豪亮等）調入省博及省文管會（辦公室），四川文博系統專業力量得到極大充實。

?  1956年，省文管會（辦公室）以成立以來歷次文物調查成果為基礎，完成四川省第一次全國文物普查工作。同年底，省文管會（辦公室）田野組交由省博領導，并更名為“文物工作隊”，負責考古工作。省文管會（辦公室）調查組繼續進行地面文物調查保護工作。

  ------   合署【1958～1980】 ------

?  1958年，為精簡機構、緊縮開支，省文管會（辦公室）與省博合署辦公。對外兩個牌子、兩個印鑒，對內一套人馬進行工作。

?  1968年7月，四川省革命委員會批準省博成立革命委員會和頒發印章時，未明確省文管會（辦公室）是否需要保留，致使省文管會（辦公室）的牌子與印鑒未再行使用。

?  1974年7月，在省博內部設立省文管會（辦公室），省文管會（辦公室）印章重新啟用，省文管會（辦公室）職能得到部分恢復。

?  1977年，徐中舒任省博館長。

 ------   恢復【1981～1990】 ------

?  1981年3月10日，經中共四川省委宣傳部批準，省文管會正式恢復，主任委員為張秀熟，副主任委員為吳漢家、徐仲舒。1982年，為進一步加強對我省文物工作的領導，動員社會各方面的力量共同加強對文物的保護管理，防止對文物的破壞，密切有關部門之間的協作配合，有關部門負責人、專家、學者兼任省文管會委員，名單如下：馬識途、尤超、鄧少琴、鄧學安、馮天爵、馮興玉、馮秉昭、孫自強、葉兆麒、龍經緯、李彪、李樹根、朱秉璋、許琦之、張文沛、張光倫、張惠明、陳正交、蘇成紀、何惠林、屈義驊、羅永光、金鎧、周永彤、趙欲樵、賀惠君、段可情、高文、高撲實、徐南洲、聶秀香、郭景璞、黃惠周、彭長登、焦成斌、謝雁翔，朱秉璋任省文管會（辦公室）負責人。省文管會（辦公室）為省文化廳直屬事業單位，與省博分開辦公，單獨建制，主要負責全省文物的調查、發掘、保護、研究和宣傳等工作。

?  1983年11月，朱秉璋、趙殿增任省文管會（辦公室）副主任，朱秉璋主持工作。同年，四川省文化廳核定省文管會（辦公室）編制77人。省文管會（辦公室）下設業務機構：田野考古工作隊， 以配合基本建設進行考古發掘為主，同時每年進行一兩項有計劃的考古發掘；地面文物工作隊，對地面文物（包括革命遺址和遺跡）進行調查、研究、保護和宣傳，推進文物保護單位的“四有”工作；文物保護科學技術工作隊，以石刻和石窟寺為重點，兼顧古建筑的保護維修及出土文物的修復和保養；《四川文物》編輯部，除主辦該刊外，還負責組織力量編輯出版文物考古方面的叢刊和普及讀物。

?  1985年2月，經四川省編制委員會批準，省文管會（辦公室）增掛“四川省文物考古研究所”（以下簡稱“省考古所”）牌子，實行一套機構、兩塊牌子。同年，單位籌建的新辦公大樓竣工并投入使用，辦公地址：四川省成都市人民南路四段5號。

?  1986年3月，趙殿增任省文管會（辦公室）主任、省考古所副所長，郭長榮任省文管會（辦公室）副主任、支部副書記，肖宗弟任省文管會（辦公室）副主任。同年，四川省編制委員會核定省考古所事業編制90人。省考古所下設田野考古工作隊、地面文物工作隊、文物保護技術工作隊、《四川文物》編輯部、秘書科等部門。

?  1987年12月，肖宗弟任省文管會（辦公室）副主任、省考古所副所長并主持工作，趙殿增、胡昌鈺任省文管會（辦公室）副主任、省考古所副所長，黃小平任省文管會（辦公室）、省考古所黨支部副書記。

?  1988年7月，肖宗弟任省文管會（辦公室）主任。

 

 ------   發展【1991 ～ 】 ------

?  1991年1月，胡昌鈺任省文管會（辦公室）主任、省考古所所長。

?  1994年5月，黃小平任省文管會（辦公室）黨支部書記。同年9月，馬家郁任省文管會（辦公室）主任、省考古所所長，丁祖春任省考古所黨支部副書記。

?  1995年3月，郭長榮任省考古所黨支部書記。

?  1996年8月，袁金泉任省考古所副所長。

?  1998年3月，張肖馬任省考古所黨支部副書記，同年8月，李昭和任省考古所副所長。

?  2000年5月，省考古所黨總支成立，省考古所所長馬家郁兼任省考古所黨總支書記，張肖馬任省考古所黨總支副書記。

?  2002年7月，高大倫任省文管會（辦公室）主任、省考古所所長。同年11月，陳顯丹任省文管會（辦公室）副主任、省考古所副所長。

?  2004年10月，經四川省編制委員會批準，“四川省文物考古研究所”更名為“四川省文物考古研究院”（以下簡稱“省考古院”），省考古院下設業務機構：考古研究所、古建石窟設計研究所、文物保護修復中心、《四川文物》編輯部、基建考古勘探辦公室、辦公室、人事科、財務科、保衛科、圖書信息中心等。

?  2004年10月，高大倫任省考古院院長，李昭和、陳顯丹任省考古院副院長，張肖馬任省考古院黨總支副書記。

?  2005年6月，閆西莉任省考古院黨總支書記。

?  2008年1月，周科華、唐飛任省考古院副院長。

?  2013年，省考古院院長高大倫兼任省考古院黨總支書記。

?  2017年4月，姚軍任省考古院副院長。

?  2019年8月，唐飛任省考古院院長。

?  2020年1月，省考古院院長唐飛兼任省考古院黨總支書記。

?  2020年6月，劉祿山任省考古院副院長。 

?  2020年12月，陳衛東任省考古院黨總支副書記。 

?  2023年7月，謝振斌、劉志巖任省考古院副院長。

2019年、2021年，經中共四川省委機構編制委員會辦公室批準，四川省文物考古研究院先后增掛“三星堆研究院”“四川石窟寺保護研究院”兩塊牌子。2022年7月，經中共四川省委機構編制委員會批準，核定我院事業編制185名。2024年，經中共四川省委機構編制委員會辦公室批準，核定我院事業編制242名。四川省文物考古研究院現為四川省文物局直屬公益一類事業單位，下設黨群辦公室、行政辦公室、人事科、財務科、項目管理辦公室、科研辦公室、文物信息中心、革命文物保護研究中心、《四川文物》編輯部、國際合作與交流中心、文化遺產保護研究所、文物保護修復研究中心、舊石器考古研究所、新石器考古研究所、商周考古研究所、歷史時期考古研究所、民族考古研究中心、科技考古中心、四川石窟寺保護研究院（石窟寺保護工程研究所）、四川石窟寺保護研究院（石窟寺考古研究所）等部室及皮洛遺址工作站、城壩遺址工作站、羅家壩遺址工作站、會理考古工作站、廣元考古工作站、江口遺址工作站、三星堆遺址工作站等派出機構。